保送生和自主招生在招生條件、選拔方式、錄取程序等方面都有較大差別，保送生是不需要參加高考的，而自主招生是在高考后、出分前試點高校組織學生考試。

選拔條件不同。自主招生選拔的主要是有創(chuàng)新潛質(zhì)或者是有學科特長的考生，也會有少部分學校選拔單科或綜合成績突出的考生。而申請保送生限制條件會更加嚴格，2018年只有五類考生有資格報名，分別是公安烈士子女、中學奧賽國家集訓隊成員、退役運動員、省級優(yōu)秀學生、以及一些外語中學推薦的學生。2020起省級優(yōu)秀學生不再具有保送資格。

在選拔與考核方面，自主招生是需要參加全國高考的，高考結(jié)束后成績公布前，具備自主招生選拔資格的高校自主組織學生筆試或者面試考核，具體考試形式由高校自行確定，最終公布審核通過考生名單及相應(yīng)的降分情況。在高考前自主招生還有一個初審流程，學生要提交相關(guān)資料，各高校也會公示初審通過人員名單。保送生需要向保送學校提交申請所需相關(guān)資料，并參加有關(guān)學校的考核，學校確定擬錄取名單后要公示后才可以錄取。

流程不同。自主招生從三月簡章發(fā)布開始，學生需要提交申請材料，然后等待高校審核并公示初審通過學生名單，接著要參加高考，然后要參加高校自招考核，等待公示名單，最后是填志愿看是否錄取。保送生則很簡單，提交保送申請及相關(guān)資料，公示后參加高校綜合考核，通過后就不需要再參加高考了。