辦學(xué)主體、資金來源、學(xué)費(fèi)、辦學(xué)性質(zhì)不同。民辦院校和公辦院校的根本區(qū)別就是辦學(xué)的性質(zhì)不同，公辦院校是國家出資，以國家為后盾，但是公辦高校和民辦高校辦學(xué)的目的都是為祖國的社會主義事業(yè)培養(yǎng)可用的人才。

民辦學(xué)校和公辦學(xué)校都是經(jīng)過相關(guān)部門批準(zhǔn)才成立的學(xué)校，兩者間最大的區(qū)別應(yīng)該就是資金來源不同了。公辦學(xué)校是國家撥款，大部分辦學(xué)經(jīng)費(fèi)都是來自政府；而民辦學(xué)校則是要靠自籌，辦學(xué)經(jīng)費(fèi)主要是來自企業(yè)。

民辦學(xué)校是由民間資本為主體辦學(xué)的，其法人代表為最大股份持有者；公辦學(xué)校由國家出資辦學(xué)，其法人為代表國家機(jī)關(guān)來管理學(xué)校資產(chǎn)者。

公辦高校實(shí)行是黨委領(lǐng)導(dǎo)下的校長負(fù)責(zé)制，黨委書記實(shí)際上成為學(xué)校一把手。公辦中小學(xué)和幼兒園由區(qū)、縣教育局領(lǐng)導(dǎo)下的校長負(fù)責(zé)制，主要領(lǐng)導(dǎo)權(quán)力在當(dāng)?shù)亟逃质种?；而民辦學(xué)校是由董事會領(lǐng)導(dǎo)下的校長負(fù)責(zé)制，實(shí)際領(lǐng)導(dǎo)權(quán)力在大股東的手中。

由于我國的公有制體制，所以公辦學(xué)校往往能夠獲得更多的教學(xué)資源，民辦學(xué)校相對就比較有限。但在一些基層的中小學(xué)和幼兒園，由于規(guī)模不大，且辦學(xué)者重視，常常會擁有比同類公辦學(xué)校更好的條件，當(dāng)然學(xué)費(fèi)也相對更高。