東南大學有四個王牌專業(yè)，分別是：建筑學、土木工程、交通運輸專業(yè)、生物醫(yī)學工程。

東南大學四大王牌專業(yè)

建筑學：

建筑學是東南大學歷史最悠久，舉世矚目的一個王牌專業(yè)，東南大學的建筑系，是我國成立最早的建筑系，國內建筑方面的國家級重點學科，東大占據了30%以上。

東南大學的“建筑學”，入選了國家“世界一流學科”建設名單，全國學科評估A+類的學科，國家重點學科，國家級特色專業(yè)建設點等榮譽。是我國建筑類人才培養(yǎng)的“黃埔軍?！?，頂尖王牌，實至名歸。

生物醫(yī)學工程：

這個專業(yè)是東南大學依托傳統(tǒng)優(yōu)勢學科去發(fā)展交叉學科與邊緣學科的一次成功的創(chuàng)新，也是東南大學獲評A+類的5個學科之一，5個國家級重點學科之一，從“中國最好學科排名”來看，東南大學的生物醫(yī)學工程，實力排在全國前三。

土木工程：

東南大學土木工程，同樣是獲評了A+學科的專業(yè)，在上一輪教育部專業(yè)評估中排名第二，僅次于同濟。雖然，現在對于大學生就業(yè)而言，已不是土木專業(yè)的黃金時期，但是東南大學的土木工程專業(yè)，卻是每年高考志愿的香餑餑。原因主要還是學校專業(yè)建設的實力享譽世界，走出去的學生也能經得起市場的考驗。

交通運輸專業(yè)：

國家一級重點學科，第三輪、第四輪全國學科評估中的評估結果為A+學科，多次蟬聯第一，也是屬于東南大學的金字招牌，科研實力非常厲害，東南大學以高速公路起家，在交通、土木方面的專業(yè)底蘊很足。